Bafa Gölü, Büyük Menderes Nehri deltasının güneydoğu kesiminde, Menteşe Dağlarının içine sokulmuş sığ bir tatlı su gölüdür. Yaklaşık 60 km²'lik yüzölçüme sahip olan Bafa Gölü'nün denizden yüksekliği 2 metre, en derin bölümü 21 metre, uzun ekseni 16 km ve en geniş yeri 6 km'dir. Aydın ve Muğla il topraklarında yer alır. Eski zamanlarda Ege Denizi'nin bir parçası olan göl Büyük Menderes'in taşıdığı alüvyonlar ile birlikte, kıyıdan kilometrelerce içeride kalmıştır. Bugün Büyük Menderes Nehri'nin Ege Denizi'ne döküldüğü alandan yaklaşık 17 km uzaklıktadır.