خمینی در نجف و برخوردش با مجاهدین :
در سال ۴۹ که تعدادی از برادران ما در دبی شهر مسیر به سمت فلسطین دستگیر و با مصادره هواپیمایی که میخواست آنها را به تهران تحویل دهد به عراق رفتند .عراق شک داشت که ممکن است توطئه ساواک شاه باشد آنها را زندانی کرد.میخواستیم خمینی که درنجف بود به دولت عراق بگوید اینها با شاه نیستند.
آقاي طالقاني باجوهرنامرئي درگوشه‌ي يك تقويم كه ايشان را برادران شهيدمان سعيد محسن وناصرصادق برده بودند به يكي ازجاده‌هاي‌كرج نامه‌اي نوشت براي خميني وگفت، ” اين را ببريد براي خميني با رمزهايي كه بين خودشان از پيش بود تا ايشان دخالت بكند و دولت عراق‌ اين بچه‌ها تحويل شاه ندهد.
اينكارانجام شد، اگرچه خميني هيچ دخالتي نكرد، بعدها البته ما فهميديم كه درموارد بسيار كوچكتر و شخصي‌تر ايشان دخالت مي‌كرده و با مقامات رابط تماس مي‌گرفته يك امتيازاتي مي‌گرفته والي‌آخر .
آقاي علي تهراني که از آخوندهای برجسته مشهد و فامیل خامنه‌ای بود، يكسري مسائلي را از آن دوران افشا كرد. ارتباطات خميني را حتي با مقامات مختلف عراقي‌گفت ازجمله رابطه هایی که با مقامات امنيتي عراق داشت. اما دررابطه با دستگیر شدگان و پیام پدرطالقانی توجه نکرد از ترس اینکه مبادا برایش مشکلی پیش آید.
خمینی بعد از سال ۵۰ متوجه شده بود که مجاهدین محور مبارزه با شاه بوده واز حمایت گسترده اجتماعی برخوردارند.
در سال ۵۷ مردم شعار میدادند رهبران ما را مسلح کنید اما هرگز چنین کاری نکرد همان خمینی که مجاهدین را هزار هزار بدون محاکمه بشهادت رساند .پس چرا فرمان تسلیح نمیداد.؟‌
جواب را از یزدی وزیر کابینه بازرگان شنیدیم که گفت:‌ خمینی درمقابل این خواسته مردم که رهبران مارا مسلح کنید گفت :
در تیر ماه ۵۶ بعد از مراسم خاکسپاری شریعتی ، من به نجف رفتم و با ایشان صحبت فراوانی کردم . در آنجا ایشان با جنگ مسلحانه مخالف بود . علت را هم این می دانست که در یک درگیری مسلحانه، سازمان های سیاسی – نظامی جلو می افتند ؛ چرا که آنها تشکیلات دارند . اگر ما بخواهیم مبارزه را به این نقطه برسانیم ، آنها برنده می شوند و ما مجبور به تبعیت خواهیم شد.
مجاهدین واعلام مرزبندی سیاسی با خمینی
اولين بروز علني جدايي سياسي بين مجاهدين و خميني, موضعگيري و سخنراني مسعود رجوي در دانشگاه تهران در روز 3اسفند1357 ( ده روز پس از سرنگوني رژيم شاه) بود. حرف اصلي مجاهدين تأكيد بر اولويت و نقش محوري آزاديها و به رسميت شناختن حقوق زنان واقليتهاي قومي و مذهبي بود. مجاهدين هم چنين نسبت به دخالت باندهاي ارتجاعي و انحصارطلب در كار دولت بازرگان هشدار دادند و دولت را مسئول رعايت آزاديها و حقوق دموكرايك نير وهاي سياسي اعلام كردند. به اين ترتيب مجاهدين نشان دادند كه لبه تيز حملاتشان متوجه بخش ارتجاعي و آخوندي حاكميت جديد است.
اعلام مواضع متفاوت با خمینی همراه با رأي مثبت به تغيير نظام
در دومين بروز برجسته جدايي بين مجاهدين و خميني, مجاهدين همراه با رأي مثبت به تغيير نظام در روز 12فروردين 1358, مواضع كاملا متفاوت خود را در برداشت از اسلام و جمهوري تحت نام اسلام را به طور مشروح منتشر كردند و دربرابر خميني كه هرگونه پسوند دموكراتيك را براي نظام جمهوري اسلامي مردود و غير قابل قبول اعلام كرده بود, بر « محتواي متفاوت» برداشت خود تأكيد نموده و آن را همزمان با رأي دادن اعلام كردند.
التزام مجاهدین به قانون اساسی به رغم تحریم رفراندم
سومين جدايي رسمي كه نقطه عطفي در شدت يابي حملات سركوبگرانه خميني وباندهاي چماقدار حكومتي عليه مجاهدين بود, اعلام غير قابل قبول بودن قانون اساسي ولايت فقيه از سوي مجاهدين بود. مجاهدين رسما اعلام كردند كه به اين قانون اساس رأي نمي دهند مگر اين كه خواسته هاي مبرم مردم در مورد آزاديها, وارد قانون اساسي شود.
قانون اساسي با آرمان و اعتقاد اسلامي مجاهدين سازگار نيست
تحريم رفراندوم خميني درمورد قانون اساسي ولايت فقيه ازسوي مجاهدين, به عنوان مهمترين نيروي سياسي سراسري مسلمان و متشكل براي خميني غير قابل تحمل بود. از اين پيشتر مجاهدين به نحوه تدوين و تصويب قانون اساسي رژيم جديد نيز اعتراض كرده و به جاي مجلس خبرگان, خواستار تشكيل مجلس مؤسسان ملي بودند. اما خميني كه قبلا وعده تشكيل مجلس مؤسسان را داده بود, درعمل از تشكيل آن خود داري ورزيد و مجلس خبرگان آخوندي را به رياست بهشتي تشكيل داد. مجاهدين درمراحل مختلف تدوين اين قانون اساسي عليه آن موضگيري كردند و به هنگام برگزاري رفراندوم نيز اعلام كردند كه اين قانون اساسي با آرمان و اعتقاد اسلامي مجاهدين سازگار نيست و به آن رأي نمي دهند.
مجاهدین تهدید اصلی ومارک منافق از سوی خمینی
جدايي صفوف مجاهدين با توجه به موقعيت اجتماعي و سابقه مبارزاتي مجاهدين و قدرت تشكيلاتي
وسازماندهي آنها ,واقعيت سياسي جديدي را درايران پس ازسقوط شاه به نمايش گذاشت. تمامي ناظران با شگفتي شاهد اين واقعيت بودند كه نيروي اصلي مخالف و اپوزيسيون در برابر رژيم جديد خميني , نه كمونيستها وليبرالها , بلكه يك نيروي مسلمان است به خاطر وزن و موقعيت اجتماعي مجاهدين , نيروهاي ليبرال و چپ و لائيك كه خارج حكومت بودند عمدتا دراتحاد عمل با مجاهدين بودند. اين صف بندي , شروع يك مبارزه فشرده درصحنه سياسي ايران براي آزادي بود. خميني كه نمي توانست در فضاي آزادي پس از سرنگوني رژيم شاه بلافاصله درسطح سراسري به سركوب مجاهدين دست بزند, به روشهاي سياسي و تبليغي براي تخطئه مجاهدين دست زد. مارك «منافقين» را براي زير سئوال بردن اسلام مجاهدين علم كرد و ازطريق شبكه آخوندهاي حكومتي ايدئولوژي مجاهدين را «التقاطي» يعني داراي ايدئولوژي دوگانه
كه مخلوطي از ماركسيسم واسلام معرفي مي كردند.
گروگانگیری بالاترین توطئه علیه مخالفین توسط خمینی
مهمترين نيرنگ و ترفند خميني در صحنه سياسي كه هم عليه مجاهدين وهم عليه نيروهاي ليبرال و حتي بخش ليبرال حاكميت جديد آن را به كار گرفت, بامبول گروگانگيري ديپلومتهاي سفارت آمريكا با شعارهاي غليظ ضد امپرياليستي بود. اين اقدام كه هم مردم ايران وهم جهانيان را شگفت زده كرد در آبان سال 1358و تقريبا 9ماه بعد از سقوط رژيم شاه صورت گرفت. گروگانگيري توسط دانشجويان خط امام انجام شد. سردمداران اصلي آن احمد خميني, آخوند موسوي خوئينها ازسران اصلي باند خاتمي و بسياري ازمهره هاي اصلي باند خاتمي مانند عباس عبدي و حجاريان و معصومه ابتكار معاون محيط زيست دركابينه خاتمي و.. بودند. در نخستين قدم دولت بازرگان سقوط كرد و خميني از دست يك نخست وزير ليبرال راحت شد.
اگرچه درقدم اول خميني مي خواست با گروگانگيري بازرگان را ازسر راهش بردارد واين كار راكرد, اما هدف اصلي خميني مات كردن سياسي مجاهدين بود. خميني مي خواست مجاهدين را درمقابل يك ابتكار عمل بسيار ضد امپرياليستي و بسيار جنجالي مات كند. به اين معني كه يا مجبور به حمايت شوند يا مخالفت كنند و به عنوان طرفدار آمريكا تخطئه شوند. اما مجاهدين موضع هوشيارانه يي اتخاذ كردند. از آن جا كه نمي توانستند در فضاي آن روز به محكوميت صريح اين اقدام مبادرت كنند, موضع انتقادي اتخاذ كردند و طي يك پروسه يك ساله نشان دادند كه گروگانگيري درسفارت آمريكا صرفا اقدامي از جانب باندهاي خط امامي براي از دورخارج كردن ليبرالها ومات كردن مجاهدين بوده و تماما به ضرر مردم ايران بوده است. درقدم بعد مجاهدين طي سلسله گزارشهاي مستندي درنشريه مجاهد تحت عنوان « ماجراهاي پشت پرده گروگانگيري» برنامه ريزي ونقشه هاي باندهاي خط امامي در جريان گروگانگيري را افشا كردند. درسالهاي اخير برخي از سركردگان سپاه پاسداران درسمينارهاي حكومتي درمورد گروگانگير با صراحت گفتند كه مهترين هدف از گروگانگيري ضربه زدن به مجاهدين وليبرالهاي دولت بازر گان ومات كردن آنها درصحنه سياسي بود.(حسین موسوی نخست وزیر وقت در مصاحبه ای گفت تسخیر سفارت بزرگترین ضربه به سازمان مجاهدین بود چرا که میخواست با حربه ضد امپریالیستی خودشان مجاهدین را از صحنه سیاسی حذف کنند گرچه به دلیل پیچیدگی رهبر مجاهدین موفق نشد و برعکس با تأسیس میلیشیا که بعدا به آن می‌پردازیم در مدار بالاتری بلحاظ موقعیت سیاسی – اجتماعی قرار گرفتند)